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本书关于制度的定义着重于操作和具体分析，而不试图把抽象的、完整的、包罗万象的关于制度的定义作为起点。因此，制度在本书指的是对参与主要社会博弈主体的基本和稳定的激励机制和制约机制。这些机制或制度，包括从国家到社区的政治经济治理的结构；包括司法及所有对人权、产权、政治决策权保护或侵犯的机制；包括有形和无形的、正式和非正式的激励和制约机制；包括影响激励机制和制约机制的社会共识、宗教、信仰和意识形态等。如此定义的制度，为理解制度演变奠定分析基础，使得过去的制度成为解释后来制度的基础。

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本书关注社会共识。世界上任何制度，无论经济的还是政治的、和平的还是暴力的、民主的还是专制的，人们的社会共识都是其中不可分离的基本成分——例如人们对于合法性、合理性的普遍认识。从这个角度看，制度是社会博弈者的认识的均衡状态，或称他们自我实现的均衡状态（Self-Fulfilling Equilibrium）。而且某种程度上，已有的社会共识常常是未来社会共识的基础，其本身则与过去的社会共识紧密相关。

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所有个人都拥有不可剥夺的基本权利，普遍拥有基本权利的这个状态和普遍承认个人拥有基本权利的社会共识，是宪政的基础。而宪政又是保护人权的基本制度。在极端侵犯人权的制度中——例如古代的奴隶制、现代的极权制——从原则上不承认自然人作为普遍概念，更遑论自然人的逐项基本权利。构成人权的第一个基本权利是生命权。维护生命权的具体权利包括：公正审判权——即任何人必须接受公正的审判；免酷刑权与免奴役权——后者不仅禁止传统奴隶制，也包括各种形式的强制劳动。

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政府控制所有资产的最终控制权，是极权主义制度的基础。产权的关键是资产的最终控制权，而不仅是名义上的归属。在没有法治的社会中，即便名义上允许私有企业存在，透过直接控制所有者，极权政府对这些企业仍然拥有最终控制权——例如纳粹德国时期的企业。继承亚里士多德和洛克的思想，哈耶克指出：在剥夺个人产权的社会，无论名义称号是什么，无权拥有产权的人在所有基本方面都只能受人支配，实际上沦为奴隶。

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在公民没有政治决策权力的社会中，只剩下统治者的政治统治权力。而且政治统治权力会扩展到私权领域，成为囊括社会其他重要事务的决策权。在最极端的专制制度——极权主义制度中，在政府全面控制产权的同时，政治权力更扩展成全面控制社会所有方面的权力——此时，个人和家庭甚至连生育子女的权利也丧失殆尽，都必须听命于政治权力。因此，政治决策权自古至今都是所有社会的基本制度要素。

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本书以激励相容原理为分析制度变化的基本概念。专制制度中，被统治者面对不服从即被施以酷刑的惩罚，被迫选择服从可能是专制制度下对自己最好的。分析专制制度，包括专制制度所面对的约束条件，向来是政治经济学和政治学所面对的严重挑战。把专制制度简化为独裁者一人决定一切，这样的分析把问题变得浅薄而无用。在任何实际制度中，即使最极端的独裁制度，独裁者也必须依赖他人执行暴政，而执行者都有自身的利益。

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制度变化的激励相容条件通常是高度动态的——因为制度变化的过程中，参与者、相关者的行为和意识往往会随制度环境的变化而变化。发动暴动或革命的领袖往往善于利用或创造与大众短期激励相容的条件，引诱大众参与。俄国十月革命与中国的土改、文革等均如此。然而，无论制度变化曾经如何轰轰烈烈，其后果的性质和持续性则取决于所形成的制度与参与者的长期利益关系，即他们的激励相容条件。

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制度基因有三个高度互补、缺一不可的基本特征：（一）重复性（Repetitiveness）；（二）激励相容性（Incentive Compatibleness）；（三）基础性（Stemness）。例如，从秦朝以来建立的自上而下的郡县制，虽然细节上多有变化，但作为基本治理结构则一直延续至今；科举制以及作为其核心的孔孟之道，千年以来代代复制，直接与当权者和官僚的利益相关，成为中国制度基因之一。

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制度基因决定吸收哪些外来影响、排斥哪些外来影响。例如，基督教在罗马帝国从小众信仰演变为国教，与地中海地区民间传播的“外力”密不可分；而中国科举制下的儒教从被法家打压的对象成为“国教”，则与统治者的激励相容选择相关。外来意识形态（如马克思主义）在中国本土的命运，亦取决于其与既有制度基因的兼容性——若动摇统治合法性，则必遭全力抵制。

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制度基因的概念直接分析参与者的利益机制，打开路径依赖理论的“黑盒子”。例如，英国光荣革命的良性循环源于产权分散的群体支持宪政改革；而中国帝制的“郡县-儒教”基因，则通过官僚与君主的利益绑定持续复制。制度基因的自我强化并非源于抽象的“报酬递增”，而是过去制度通过激励相容条件，迫使新制度复制其核心成分。这一机制揭示：极权制度难以转向宪政的根本原因，在于其制度基因中暴力垄断与反人权共识的深度绑定。